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张美玲、艾超等:内参法(spike-AMP)和荧光定量法(qPCR-AMP)在土壤微生物群落定量研究中的应用评价

发布者:管理员发布时间:2022-02-14作者:艾超来源:植物营养团队点击量:

微生物群落的组成和功能在人类健康、全球元素循环、作物生长和植物抗病中发挥关键作用。随着高通量测序等技术的革命性突破,极大地增加了我们对微生物多样性、群落结构和物种组成的认识。然而,测序数据仅提供微生物群落的相对丰度变化,忽略了微生物绝对数量的变化规律。针对高通量测序数据的这一缺陷,研究人员已经开发出多种微生物绝对丰度定量方法,例如,1)内参法(spike-AMP);2)荧光定量法与高通量测序结合(qPCR-AMP);3)流式细胞仪与高通量测序结合(FCM-AMP)等。然而,这些定量方法的普遍适用性和精确度尚不清楚。

本研究利用采自黑龙江海伦和海南三亚的两类差异较大的土壤样品,评估了土壤微生物研究中最常用的两种绝对定量方法spike-AMP和qPCR-AMP的性能和普遍适用性。结果表明:spike-AMP方法在准确性、稳定性和工作量等方面没有显示出任何优势。相比之下,更常用的qPCR-AMP方法对探究环境扰动对土壤微生物动力学的影响提供了有价值的见解。考虑其稳定性和技术可行性,qPCR-AMP可广泛应用于土壤微生物群落的定量研究。

相对定量(RMP)和绝对定量(AMP)方法对微生物群落结构分析的差异

研究成果发表在国际土壤科学知名学术期刊《Soil Biology & Biochemistry》(IF 7.609)上。张美玲博士为论文第一作者,艾超副研究员和法国农科院Laurent Philippot研究员为共同通讯作者。本研究得到国家自然科学基金(31601829)、中国科协青年托举计划(2017QNRC001)和“2022世界杯分析预测”青年英才等项目的共同资助。

【引文方式及原文链接】:

Zhang M, Zhang L, Huang S, Li W, Zhou W, Philippot L*, Ai C*. Assessment of spike-AMP and qPCR-AMP in soil microbiota quantitative research. Soil Biol Biochem.2022, 166:108570.

原文链接:https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2022.108570


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